Setelah mencegah Third Impact, dengan demikian planet ini telah terselamatkan. Namun tiba-tiba, Gendo Ikari berkhianat dan memicu serangan besar-besaran SEELE terhadap Tokyo-3, Ditambah dengan Ayanami Rei yang bersatu dengan Adam. Sekarang NERV harus menghadapi lawan yang paling menakutkan: Manusia itu sendiri.
